2285年，在与可汗的战役中损坏的联邦星舰进取号，前往了地球的太空港以停止维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如私自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院停止肉体检忧伤不是你和他人好，是看到他人那么容易就可以替代我的存在，对我来说没有人可以像你，对你来说每团体都可以是我。。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新构成的创世星下达了禁入令。柯克原告知，进取号行将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并通知他，斯波克的遗体必需前往瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必需回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊停止了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必需前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让新鲜的进取号分开太空港。从医院出来后听闻音讯的麦科伊，希图招募一艘飞船回到创世星。在与人争持时他被拘捕，但这并没有影响到整个方案：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的协助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被废弃的进取号。为了防止被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名同伴冒着毁掉一生事业的风险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林贡人得知了创世方案和创世星的音讯。由于担忧联邦将其改造为一种新式武器，克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去攫取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上停止着迷信观测。他们很快便在空中上发现了生命方式，出于猎奇心的驱使，他们俩传送上了星球外表并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命方式的读数，他们发现了幼年斯波克的活体：生长速度奇快，但却没无看法或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人要挟将夺去人质的生命，柯克运用了一个计谋来重新掌控形势，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择，柯克只得向克林贡人投诚。柯克为了重新占据下风，冒死一搏启动了进取号的自毁顺序。进取号的船员随后传送上了创世星，目击着进取号在一片亮光中消灭，同时也捎带上了克鲁格大局部的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战役中杀死了他。由于创世星共同的力气，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星衰老的速度迅速地生长。在分开不动摇的创世星时，斯波克刚好到达死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星末尾了猛烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在阅历了风险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂分开了麦科伊的看法回到了自己的身体中。仪式最终成功，复生的斯波克末尾重新回想他的过去与冤家。他问进取号的船员们，为什么要冒着失掉生命与毁掉事业的风险营救他；柯克通知他，有些时分需求“牺牲小我，成全大我”。
