怪盗基德的预告信出如今了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐豪华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，忧伤不是你和他人好，是看到他人那么容易就可以替代我的存在，对我来说没有人可以像你，对你来说每团体都可以是我。称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也由于剑道大会离开了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜寻中，出现了一位被叫做“死之商人”的生动于亚洲一带的美籍日裔军火商。这团体不时在寻觅斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府和往常代深耕军需产业，传说那宝藏是能改动幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联络。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德迫近……
